Хемометрический анализ позволяет найти молекулы, схожие с исследуемой и, соответственно, предположить физиологические, фармакологические и другие свойства исследуемой молекулы на основе имеющейся информации о свойствах молекул, наиболее близких по структуре. Вводится понятие хемографа как особой разновидности размеченного графа и исследуется разрешимость/регулярность задачи установления изоморфизма с локальными ограничениями. С использованием методов комбинаторной теории разрешимости находятся наборы фрагментов минимальной мощности, обеспечивающие локальную разрешимость/регулярность (т.е. полноту соответствующего кортеж-инварианта хемографа) над исследуемым множеством молекул (например, метаболомом или базой данных структур препаратов). На основе полученных наборов молекулярных фрагментов формируются метрики над множеством бинарных и рационально-численных векторов, получающихся при отображении полученных кортеж-инвариантов.