Хемомикробиомный скрининг, направленный на оценку активностей исследуемой молекулы по отношению к заданным представителям микробиома, представляет собой важную альтернативу крайне дорогостоящим высокопроизводительным скринингам. Хемомикробиомные оценки свойств молекул проводятся на основании нахождения молекул, структурно схожих с исследуемой молекулой, на основе которых проводятся оценки фармакологических свойства исследуемой молекулы посредством методов  современной информатики. Современные методы прикладной математики (теория анализа размеченных графов, топологическая теория анализа плохо-формализованных задач и др.) позволяют осуществлять достоверное и верифицируемое прогнозирование эффектов исследуемой молекулы на поддержание позитивной микробиоты человека.