Помимо основного механизма действия, для любого препарата важно исследование и установление побочных эффектов, которые могут позитивно или негативно сказываться на состоянии пациента. Общая информация такого рода должна быть представлена в инструкции по препарату. Однако, сравнительный анализ основных и побочных эффектов действия препаратов практически никогда не проводится.
Фармакоинформационное профилирование молекулы препарата, основанное на интеллектуальном анализе данных о структурах этих молекул, является уникальной возможностью для проведения сравнительного анализа с другими препаратами. Фармакоинформационное профилирование исследуемых молекул в соответствии с АТХ покажет, какие положительные эффекты может проявлять препарат, в каких тканях накапливаться, по каким назначениям использоваться, каковы могут быть типичные побочные эффекты, насколько часто встречаться и др.