Молекула потенциального лекарственного средства «мимикрирует» под определенные метаболиты (вследствие наличия тех или иных сходств в химической структуре) и, связываясь с теми или иными белками протеома, производит соответствующие данному лекарству эффекты (как позитивные, так и негативные).
Поэтому, совокупность всей имеющейся для заданной молекулы информации о взаимодействии с белками протеома (профиль сродства) позволяет сделать обоснованные выводы о потенциальных эффектах исследуемой молекулы. Действительно, молекула потенциального лекарства взаимодействует с «таргетными» белками протеома (активность которых и должна регулироваться данным препаратом), так и другими белками протеома, на которые молекула препарата, вообще говоря, не должна была бы оказывать никакого воздействия. Именно эти побочные, избыточные взаимодействия и приводят к т.н. «побочным» эффектам фармацевтических препаратов.